Использование форм с генетически маркированными признаками

Этот метод прежде всего применим для работы с перекрестноопыляющимися культурами. Он основан на проявлении фенотипических различий у гетерозиготных и рецессивных гомозиготных генотипов (Аа и аа). Для производства гибридных семян на основе рассматриваемого принципа необходимо подобрать для скрещивания такую пару, в которой материнская форма обладает маячным рецессивным признаком (проявляющимся на всходах), а отцовская — доминантным. Само скрещивание осуществляют путем посева семян или высадки семенников родительских форм чередующимися рядами и свободного их переопыления. При этом материнские растения опыляются как пыльцой отцовского компонента, так и своей собственной. На них образуется смесь гибридных и негибридных семян. Их используют для посева. В потомстве по маячному признаку легко отличить гибридные растения от негибридных и удалить последние.
Данный способ больше всего подходит для работы с культурами, размножаемыми рассадой. Это позволяет при ее сортировке без существенных дополнительных затрат труда удалить все негибридные растения и использовать для высадки только гибридный материал. Метод был использован при работе с капустой, арбузом и другими культурами.
Наряду с использованием мужской стерильности, самонесовместимости и генетических маркеров в селекции на гетерозис можно опираться и на некоторые другие принципы.